Se você fez o upload de arquivo para /public_html na verificação do Google e o Google ainda não o verificou, você deve desabilitar o arquivo .htaccess e, após isso, verificá-lo novamente.
Para desabilitar o arquivo .htaccess, renomeie-o para .htaccessold e repita o processo na verificação do Google. Depois de realizar este procedimento renomeio novamente para .htaccess.
Outro modo de resolver este problema é verificar seu site na ferramente do Google Webmaster
Como alternativa, você pode usar outros métodos para verificar seu website para as Ferramentas do Google para webmasters: https://support.google.com/merchants/answer/176793?hl=pt
